A maxilláris artériából a hátsó mély temporális artéria felfelé halad, átmegy a külső pterygoid izom, az állkapocs izma és a temporális izom között, amely a fej oldalán helyezkedik el. Az infratemporális fossa-ban (az arccsont mögött fekvő térben) az artéria számos ágra válik szét. Az infratemporális fossa a mély temporális artéria mellett tartalmazza a temporalis izmot, az auriculotemporalis ideget, a mély temporális idegeket és a felszíni artériát.
A mélyedésben a hátsó mély temporális artéria a temporális izomba, a mély temporális ideggel együtt mozog. Az artéria vért juttat a temporális csont (a temporális csont tetején található) és a perikranium (a koponya külső burkolata), valamint a temporális izom laphámos részéhez. Összekapcsolódik a középső és a felületes temporális artériákkal és az elülső mély temporális artériákkal.